Từ năm 1918, chính quyền Liên Xô đã quyết định sẽ lấy nước từ hai con sông Amu Darya ở phía nam và Syr Darya ở phía đông bắc phục vụ tưới tiêu sa mạc trong vùng, biến vùng đất khô cằn quanh biển Aral thành những đồng lúa, dưa, ngũ cốc, và bông. Ngày nay Uzbekistan là một trong các quốc gia xuất khẩu bông hàng đầu thế giới.

Công việc đào kênh bắt đầu ở quy mô lớn những năm 1930. Nhiều kênh được đào đắp với chất lượng kém, gây thất thoát và bốc hơi nước; ước tính, có từ 30% dến 70% nước lãng phí từ kênh Qaraqum, kênh lớn nhất vùng Trung Á. Ngày nay, mới có 12% chiều dài kênh tưới tiêu ở Uzbekistan có khả năng ngăn nước thất thoát.

Vào những năm 1960 Liên Xô dưới thời Khruschev đã quyết định thay đổi hướng chảy của hai con sông chủ yếu cấu thành nên hồ Aral đó là Syr Darya và Amu Darya và xây nhiều đập tới tiêu để trồng bông cung cấp áo quần cho quân đội (vì bông vào những năm 60 của thế kỉ trước vô cùng đắt đỏ và nhu cầu từ nó rất lớn, nó còn được mệnh danh là "vàng trắng" trong thời kì đó) nên Liên Xô đã quyết định "tự cung tự cấp" dẫn đến quyết định thay đổi hiện trạng của hai con sông lớn nhằm cung cấp nước để cho người dân trong liên bang có thể trồng trọt được trên sa mạc, vì lẽ đó từ năm bắt đầu đến nay biển Aral liên tục bốc hơi mà không có nước bổ sung là biển hồ này ngày càng sa mạc hóa và chỉ còn 1 phần nhỏ so với trước đây.

Cho đến năm 1960, một lượng nước từ 20 đến 50 tỷ mét khối nước hàng năm được dẫn đến các cánh đồng thay vì chảy vào biển Aral. Mất một lượng nước bổ sung lớn, biển Aral bắt đầu co rút từ thập niên 1960. Từ 1961 đến 1970, mực nước biến Aral hạ thấp trung bình 20 cm mỗi năm. Đến những năm 1970, tốc độ tụt là 50–60 cm hàng năm, những năm 1980 là 80–90 cm. Việc sử dụng nước cho sản xuất, dù vậy, vẫn được ưu tiên, từ 1960 đến 1980, sản lượng bông tăng gần gấp đôi nhờ lượng nước đưa vào đồng tăng hai lần.

Từ thập niên 1960, biển Aral bắt đầu thu hẹp bởi các sông tiếp nước cho nó là Amu Darya và Syr Darya bị chuyển hướng cho mục đích tưới tiêu. Ngày nay, Aral bị ô nhiễm nặng nề, chủ yếu là hậu quả các vụ thử vũ khí, các dự án công nghiệp và phân bón hóa học dư thừa từ trước và sau khi Liên Xô sụp đổ.

Vấn đề sinh thái chủ yếu của biển Aral là nguồn nước tiếp cho nó bị sử dụng vào mục đích tưới tiêu. Từ 40 năm nay, biển Aral không ngừng co hẹp, từ một biển kín lớn thứ 4 thế giới, nó sẽ bốc hơi hoàn toàn trong vòng 10 năm. Điều này gây ra thảm họa sinh thái và kinh tế cho khu vực và chính môi trường biển.

Nhà nước Xô viết đã nhận biết thực tế trên từ rất sớm, ít ra là trước năm 1968 và chấp nhận việc biến mất của biển Aral như là một việc không tránh khỏi để đánh đổi lấy thành công trong lĩnh vực nông nghiệp và công nghiệp.